表面这一切都掩盖不了同文书院作为日本老牌间谍机构东亚同文会附属机构的事实。

早在1898年，日本间谍组织——东亚同文会正式成立，日本贵族院议长近卫笃磨公爵（近卫文磨之父）出任会长。第二年10月近卫笃磨访华，在南京拜晤两江总督刘坤一，商讨东亚同文会在华设校，刘坤一遂表示赞同。

两年后，南京同文书院开办，经费由日本外务省直接资助，首任院长是日本在华间谍头目根津一。同年4月，书院因义和团运动爆发，迁至上海高昌庙桂墅里，更名为“东亚同文书院”，从日本各府县招募公派留学生，培养“中国通”情报人员，每年约百余人，学制3-5年。

东亚同文书院下设“调查部”和“调查编纂部”、“支那研究部”、“东亚研究部”等机构。

日本学生在临近毕业时，由书院组成小组，提供资金、安排线路、派到中国各地，进行为期3个月的“毕业大旅行”，实际为情报侦察。

调查旅行历时最长的一次，是2期生林出贤次郎于1905年的新疆调查旅行，共274天，跋涉天山北路，直抵中俄边境的伊犁（此人后来成为伪满皇帝溥仪的随从翻译）。

学生将所获情报编辑成册，名为《大旅行志》、《深入内地》、《大陆漫步》等。他们把搜集到的政治、经济情报撰写成所谓的调查报告，每年印五份抄本，分别提交日军参谋本部、外务省、农商务省，东亚同文会、同文书院也各保存一份。

后来以这些调查报告为基础，同文书院出版了《支那经济全书》和《支那省别全志》，类似于对中国综合国力的普查。毋庸置疑，这些调查报告为日本制定侵华政策提供了难得的参考情报。

该间谍机构在华活动45年，培训了5000多名情报人员，仅毕业大旅行侦察线路，就多达700余条，足迹遍及中国各地，积累了如山资料，多保存于爱知大学。

1918年，上海东亚同文书院增开中华班，招收中国籍学生，共办11届，毕业生约百人。这批人中包括后来的****中统”头目——李士群。

1919年，东亚同文会为培植亲日势力，决定以退还庚子赔款为名，在天津、汉口设立同文书院附属学校，由众议员柏原文太郎

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